Triều đại của Justinianos II đã chứng kiến quá trình chậm dần và liên tục chuyển đổi của Đế quốc Đông La Mã, theo truyền thống được kế thừa từ nhà nước La Mã Latinh cổ đại dần dần bị xói mòn. Điều này được thấy rõ nhất trong những đồng tiền đúc của triều đại Justinianos đã cho thấy sự trở lại của Loros, trang phục quan chấp chính truyền thống chưa từng thấy trên đồng tiền đúc của đế chế suốt một thế kỷ, trong khi bản thân chức vụ này lại chưa được tổ chức trong gần nửa thế kỷ.[33] Điều này có liên quan đến quyết định của Justinianos nhằm thống nhất chức vụ quan chấp chính với hoàng đế để biến Hoàng đế trở thành nguyên thủ quốc gia không những trên thực tế mà còn về mặt pháp lý. Mặc dù chức chấp chính quan vẫn tiếp tục tồn tại cho đến thời Hoàng đế Leon VI mới chính thức bãi bỏ nó với Đạo luật Novel 94,[34] cũng nhờ công lao của Justinianos khi đưa chức chấp chính quan như một thực thể chính trị riêng biệt đi tới chấm dứt. Ông chính thức được bổ nhiệm làm quan chấp chính vào năm 686[35] và kể từ thời điểm đó, Justinianos II đã tiếp nhận danh hiệu chấp chính quan cho tất cả các năm theo lịch Julian của triều đại này, liên tiếp được đánh số

Dù có đôi lúc bị bào mòn bởi những khuynh hướng chuyên chế của riêng mình, Justinianos vẫn được coi là một vị hoàng đế trị vì đầy tài năng và sâu sắc tiếp nối trong việc nâng cao vị thế của Đế quốc Đông La Mã.[22] Là một nhà cai trị ngoan đạo, Justinianos là vị hoàng đế đầu tiên đưa hình ảnh của Chúa Kitô lên tiền đúc được lưu hành dưới tên ông[4] và cố gắng cấm các lễ hội ngoại giáo khác nhau và những tập tục còn tồn tại trong đế quốc.[1] Ông có thể có sự tự ý thức khi noi theo cái tên trùng nhau của Đại đế Justinianus I,[6] như đã thấy trong sự hăng hái của mình đối với những dự án xây dựng quy mô lớn và việc đổi tên người vợ Khazar của mình với tên của Theodora.[1] Trong số các dự án xây dựng mà ông đã tiến hành chính là việc tạo ra triklinos, một phần mở rộng cho cung điện hoàng gia,[36] một đài phun thác nước được trang trí nằm ở Augusteum và một ngôi Nhà thờ mới của Đức Trinh Nữ tại Petrion.[37]